ประมาณก่อนปี พ.ศ. 2532 อนิรุทธ์ได้ย้ายมาประจำการเป็นอาจารย์ที่โรงเรียนสตูลวิทยา และได้เข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของทีมฟุตบอลจังหวัดสตูลในฐานะผู้ฝึกสอนและนักเตะในการแข่งขันกีฬาแห่งชาติรอบคัดเลือก ที่จ.ตรัง ในขณะนั้นมี คุณดาเหลน เจ๊ะเล็ม เป็นผู้ใหญ่ในวงการฟุตบอลสตูลที่ให้การสนับสนับอย่างเต็มความสามารถ อนิรุทธ์ กอมะซึ่งขณะนั้นเป็นอดีตนักฟุตบอลเยาวชนทีมชาติไทยได้ทำการเตรียมทีมอย่างหนักและวางตัวผู้เล่นอย่างรอบคอบ จนในที่สุดก็สามารถเอาชนะทีมยักษ์ใหญ่เจ้าภาพและเป็นตัวแทนเขตได้สำเร็จ อย่างไรก็ตามหลังการแข่งขัน ทีมฟุตบอลจ.สตูลถูกประท้วงจากฝ่ายจัดฐานละเมิดกฎระเบียบการแข่งขันฯ นั่นคือการยื่นประท้วงว่าจังหวัดสตูลนำผู้เล่นทีมชาติ (อนิรุทธ์ กอมะ) มาทำการแข่งขันด้วยซึ่งถือว่าผิดกฎกติกา

ผลงานหลักคือการคุมทีมเยาวชน ทีมจังหวัด และทีมสโมสรสตูลยูไนเต็ด